现代医疗机构，也像企业一样，必要转型知识化组织，并注沉决策。为了提升工作效能，通常企业导入知识治理系统强化文件治理与窗体作业流程，为了提高服务品质，企业必须以更快的速度、精确把握市场动态，相识客户，并做出响应与服务的决策。在竞争强烈的今日，这些法令也都合用于医疗业中的医院或药厂。
医院e化遍及杜高，内部通讯的系统必必要有高度不变度。另一方面，医疗院所也都极思导入各类贸易利用系统，但愿把数据造成决策的信息。将得到的各类有意思的信息归纳、整顿，以对病患的健全情况作更全面，更多面向的相识，作为将来防备、宣导的卫教政策参考之凭据。
但随着服务的病例增多，或是资料起源太多，大量资料一方面成了医院最沉要资产，一方面也成为医疗信息系统数据库的最大挑战，也就是不变杜纂延展性问题。
有鉴于此，台湾行政院卫生署所规划的信息系统软件架构大体上能够分辨为：医疗治理信息系统、医务行政治理信息系统、通常行政治理信息系统，其它支持系统以及建构在这些信息系统之上的医院高阶治理信息系统EIS（Executive Information System）。
1．医疗治理信息系统
（1）门诊治理系统一蕴含挂号治理，门诊批价收费治理、门诊医令系统、健全查抄治理、脊仫检伤分类治理。
（2）住院治理系统-蕴含住院治理、住院批价收费治理、住院医令系统、护站治理、营养治理、持久照护（护理之家、日间照护、居家护理）。
（3）医疗业务系统一蕴含检验治理系统、放射线治理系统、血库治理、开刀房治理、药品治理、卫才治理、库存稽核（自动供补）.院内习染节造、个案医治、转介医治。
2．医务行政治理信息系统
蕴含疾病分统计治理、病历治理、保险特约（门诊、住院申报）、健保申复治理、案件分类治理。社工治理、医学钻研统计。
3．通常行政治理信息系统一蕴含人事薪资治理、财富治理、管帐治理系统（含成本管帐）．采购治理、嘉奖金治理，图书治理、差勤治理、公函流程治理。
4．其它支持系统
（1）在已实现部份：推算机语音挂号系统，因特网挂号系统，检验仪器连线作业。
（2）建构中且已在部份医疗院所上线之部份：病历电子化上网查问系统、医疗影像传输（PACS）系统。
5．医院高阶主管信息系统（Executive Information System；EIS）
当全院所有有关的信息系统实现上线之后，能够使用信息科技，在尽可能降低人为操作的共同下，对于院内数据库数据加以分析、统计，对于异质数据库加以整合，共同成本管帐分析产生操作简易，以图形使用者界面（Graphic User Interface；GUI）暗示的实时医院治理信息平台。例如：营运情况分析（Operation Analysis）、财政分析（Financial Analysis），营运趋向分析（TrendAnalysis）、人力资源分析（Human Resource Analysis），行销分析（Marketing Analysis）、；卫矸治觯≧isk Management Analysis）、临床医疗品质分析（Clinical Quality Analysis）等，以成立医院营运治理模式与架构。
而后，将有关的营运治理之成本分析数据，加以汇集至推算机主机，提供医院营运治理分析以相识其营运之情况与营运趋向之参考，并藉由各式营运分析数据，提供医院经营规划决策之用.以提升其竞争力。总观其全貌，以上的经验或可做为我们在协助发家圈医院客户导入利用系统时之参考与建议。